肛瘘有癌变的风险。尤其是患有肛瘘5-10年以上者，癌变的风险更大。
肛瘘癌变与长期慢性炎症刺激有关。癌变的先兆表现为硬结形成、黏液分泌增多及疼痛加重。得了肛瘘，需要手术治疗，药物治疗只能缓解症状，不能彻底根治。
肛瘘得不到及时治疗，会反复感染，由简单肛瘘变为复杂肛瘘。肛瘘外口周围皮肤反复破溃愈合，再破溃，反复发作，久治不愈，肛周皮肤由软变硬，会发生变性，刺激细胞异常增生，导致癌变。