肛瘘有可能会致癌。
肛瘘患者会出现反复的感染，导致局部组织反复的肿痛以及流脓症状，长期的慢性炎症刺激就有可能会导致局部组织变性甚至癌变，而形成直肠癌或者肛管癌。特别是对于一些病史超过10年以上的肛瘘患者，其癌变的概率会大大的增加。肛瘘一旦发生癌变，就由原来的良性疾病转变成恶性疾病，大大的增加后期治疗的难度。
由于肛瘘无法自愈，所以建议患者一经明确诊断应尽早行手术治疗，以免造成严重的后果。