肛瘘严重不治疗有可能会导致癌变。肛瘘会出现反复的流脓症状，局部反复的炎症刺激，会有可能引发局部组织出现变性，甚至是恶变的可能，虽然这种可能性相对偏低，但还是存在的。
据临床数据统计，病史超过10年以上的肛瘘，其恶变的概率会大大的提高。而肛瘘一旦出现恶变，就成为肛管癌，其治疗的难度会大大的增加。而一旦肛管癌出现转移，预后就比较差。
所以，肛瘘患者应尽早手术，以防止后期出现癌变，而造成严重的后果。