肛瘘不治疗有可能会出现癌变的，虽然这种概率是比较低的，但在医学文献里也有肛瘘癌变的报道。
肛瘘在肛门周围有外口，肛门内有内口，内口和外口之间有瘘管相连。而由于肛管内口的压力高于外口，所以直肠内的污染物质会持续不断的进入瘘管，引发瘘管反复出现感染，而导致肛瘘出现反复的流脓以及肿痛症状。
外口处反复流脓以及炎症刺激，时间久了就有可能会导致组织变性，甚至癌变，特别是对于一些病史超过10年以上的肛瘘，癌变概率会大大提高。