若不及时规范治疗，肛周脓肿很容易形成肛瘘。
肛周脓肿发病后，肛门周围软组织内会形成脓腔，且脓腔内的压力非常高，患者通常会有胀肛门胀痛不适等症状。若不及时治疗，脓腔会逐渐向周围蔓延，加重临床症状。
当脓肿自行破溃或者仅行肛周脓肿切开引流术后，由于化脓的肛腺并没有被破坏或切除，因此，虽然脓腔内的压力会降低，脓液也会引流而出，但急性炎症会逐渐转变为慢性炎症，并不能消除，大约两到三个月后可以形成肛瘘，可以引起肛周反复的肿痛、破溃、流脓液，需要再次手术治疗。