肛瘘不做手术是不能治愈的，而且不做手术，患者肛门周围还会经常出现流水、流脓，造成反复肿痛、感染等。而且肛瘘的发病时间较长，转变为直肠癌的几率就相对较高，所以病人发现肛瘘时应该及时手术治疗。
肛瘘通常为肛周脓肿发生破溃，或者局部切除手术以后所遗留的后遗症。如果为低位肛瘘，患者可以进行瘘道切开肛瘘手术予以治疗。如果为高位肛瘘，则需要进行挂线手术。
如果为某些特殊疾病造成的肛瘘，比如溃疡性结肠炎、克罗恩疾病等，首先需要针对原发病进行治疗。在原发病得到控制以后，再考虑进行肛瘘手术，否则容易造成术后切口愈合不良，或者长时间不愈合情况。