胆道运动功能障碍综合征的患者，需要结核病史、查体以及相关的辅助检查，共同明确诊断。大部分患者会有右上腹疼痛、食欲减退、反酸、嗳气、上腹饱胀等消化不良症状，以及厌食、厌油腻食物、腹痛、腹泻等。查体发现右上腹压痛、墨菲氏征可呈阳性。
常见的辅助检查包括ERCP、胆囊造影、逆行胰胆管造影、核素扫描、超声检查等。在常规的临床检查中，如果碱性磷酸酶和转氨酶较明显的升高，并且胆管造影无异常发现，提示可能有Oddi括约肌功能障碍。
此外，还需要通过测量胆道系统的压力、胆汁引流的速度等，可对是否患有胆道运动功能障碍综合征做出初步的判断。