药物治疗肠胃炎会不会有副作用，取决于患者使用药物的种类以及患者的治疗方式。
同时也与患者是否有根据医嘱使用药物治疗有一定关系，大部分的药物如果是合理使用药物的剂量，并且是准确掌握药物使用的适应症，一般不会有很大的副作用。部分药物可能会出现胃肠道不适或者肝功能的损害，但是停止药物使用后，上述不良反应可以明显缓解。
假如患者肠胃炎症状不是很严重，又考虑到有药物的不良反应时，可以使用中医的理疗方法或者使用药理作用相对较为明确的中成药制剂。