肛门有疙瘩疼可以考虑以下情况：
1.炎性外痔或血栓性外痔。这两种外痔都会伴有在肛门处有局部异常增生，以及明显的疼痛感表现。二者可以从异常增生的颜色进行区分。炎性外痔大多呈炎性肿胀，颜色偏红，并且炎性肿胀和渗出较为明显，呈主要症状。而血栓性外痔，从外观上看大多颜色偏暗，偏瘀血颜色，例如青紫色、紫红色。疼痛上来说非常剧烈，可以伴有炎性反应，但普遍不是主要症状。
2.肛周脓肿。肛周脓肿常由于直肠内部的感染波及肛腺所导致。肛门处的疙瘩，大多为局部肿胀，没有明显的破溃，触摸有波动感，疼痛呈跳动样。