肛窦炎和痔疮的病因不同，在临床上症状也不相同。
首先，肛窦炎是由于感染性因素造成的，是导致肛周脓肿和肛瘘的原因。而痔疮的病因现在存在两种学说，一种认为痔疮是由于肛垫组织下移形成的，另一种学说认为痔疮是由于痔静脉曲张引起的。出现了肛窦炎要及时的治疗，否则容易引起肛瘘、肛周脓肿的严重后果。而痔疮如果没有严重影响到患者的日常生活，原则上一般不需要进行处理，保守治疗即可。
其次，肛窦炎会出现肛门疼痛、肛周化脓、发热、恶寒等症状。而痔疮如果比较轻微，不会有什么明显症状，比较严重的痔疮可能会出现疼痛、便血等症状。