理论上来说，没有症状的肝内胆管结石，可以定期的复查，而不需要做手术治疗。对于出现了临床症状的胆结石，要早期给予积极有效的处理。部分患者通过服用一些解痉止痛、消炎利胆的药物，也能达到改善病情的效果。但绝大部分比较大的结石，通过保守治疗的效果很差，临床上通常建议以手术治疗为主。
如果肝内胆管结石只有五毫米，只要不引起症状，可以不做手术。但由于肝内胆管较多、直径较细，而且胆管通路弯曲，结石很难排出。因此一旦出现了症状，也要考虑手术治疗。