胆管结石分为肝内胆管结石和肝外胆管结石，结石的位置、数量、大小以及并发症的不同，手术方案的选择也不相同，手术的相关并发症和后遗症也有一定的差异。
比方说，肝外胆管结石，最常用的手术方式是胆管切开取石术，包括传统的开腹手术和腹腔镜微创手术，目前临床上以后者为主。主要的后遗症包括胆管损伤、胆道出血等。胆管损伤包括胆管的机械性划伤、吻合口的狭窄和水肿、胆瘘等，通常需要再次手术。
肝内胆管结石的手术方案还包括肝脏切除和肝移植，术后可能会出现肝功能下降、器官排斥等问题。