肝内胆管结石属于自发性疾病，因此，在住院过程中是可以走正常的医保程序，因此可以用医保卡付款。
我国的医保政策规定，由于第三方原因造成的疾病不可以走医保程序，需要患者本人或当事人自费，比如打架斗殴造成的损伤、工作时的损伤、与他人发生车祸造成的损伤等，住院期间是需要走第三方程序进行报销，不能使用医保卡。
如果肝内胆管结石的患者需要服用药物，可以到正规的药店进行购买，大部分的药品都可以通过医保卡支付，少数的保健类药物需要自费。区分好肝内胆管结石的治疗，这样可以减少费用。