一般来说，腹痛是胰腺结石最常见的临床症状，患者经常表现为上腹胀痛，若为酒精性胰石症，常表现为剧烈疼痛，并反复发作持续时间较长。病因不明者，剧痛较少，多为上腹隐痛、钝痛。
由于胰液与消化功能密切相关，因此胰腺结石的患者可出现相应的消化道症状，如腹胀、恶心、呕吐、食欲不振、消瘦等，胰液在脂肪的消化中起重要作用，因此患者可出现脂肪的消化吸收障碍，出现脂肪泻。
除此之外，约有1/4的患者可出现黄疸，多是因为结石长期梗阻导致胰腺的纤维化，坚硬的胰头，压迫胆总管下端，造成胆管梗阻所致。另外，胰石症的晚期症状，主要表现为胰腺进行性慢性损害所带来的并发症。