一部分肝内胆管结石的患者，胆结石是有可能自行排出的。但这需要结石很小，但是由于肝内胆管分支很多，直径较细，因此自行排出的概率极低。
由于正常的胆管直径为6到8毫米，且胆管具有一定的扩张性，临床上1厘米以内的肝内胆管下端的结石可采取保守治疗，以期达到排石的目的。部分患者，可以通过体外冲击波碎石或激光碎石，结石也有可能排出体外。
但是临床上大部分的胆管结石，一旦发作会阻塞胆管，导致胆汁排出不畅，患者除了会出现腹痛、发热和黄疸外，病情可在短期内加重。所以肝内胆管结石目前还是以手术治疗为主。