喝乳果糖一般没有副作用。
在治疗初期可能会出现腹胀，但持续治疗后症状会消失。如果长期服用大剂量药物，患者可能会出现腹泻，可能导致脱水、电解质紊乱、血糖升高，会影响身体健康，有胃肠道梗阻、急性腹痛、胃肠道穿孔风险，半乳糖或果糖不耐受、乳糖酶缺乏的患者应谨慎食用。
如果患者经常发生便秘，平时的生活中也可以多吃柚子、火龙果等水果或芹菜、韭菜等粗纤维食物，避免摄入刺激性食物，多做有氧运动，还可以服用双歧杆菌等益生菌。