胆囊息肉的病因较复杂，可能与慢性胆囊炎、胆囊结石和胆固醇代谢紊乱有关。胆囊的炎症、胆囊内的结石、胆固醇的代谢异常均会导致胆汁成分的改变，直接或间接的刺激胆囊壁，造成胆囊组织的斑痕性增生或异常生长，最终形成胆囊息肉。
其中，大部分的胆囊组织为瘢痕性增生或胆囊组织过度增长所致，为良性病变。少部分的息肉会由于胆汁刺激，异常增生，形成癌变。除此之外，肥胖、吸烟、高脂血症、高胰岛素血症、肝硬化、上消化道和胆道的解剖异常，是胆囊息肉的好发因素。