胆管炎最常见的临床表现是腹痛。主要是以右上腹的疼痛为主，可表现出持续性的胀痛或痉挛性的绞痛。进食油腻食物后可加重上腹疼痛，很少有发热和黄疸。
如发生急性发作，则出现腹痛、寒战、高热和黄疸等三联征。胆管炎的部分患者可因胆结石引起，结石的梗阻和胆道本身的炎症，会造成胆汁成分的改变和排泄异常，这会引起一系列的消化不良表现，比如食欲不振、腹痛腹胀、恶心呕吐、反酸嗳气等。
如果病情加重，还会出现休克、神经中枢系统受抑制表现。