长期肛裂可以行手术治疗，一些长期肛裂的患者，也只有通过手术治疗才能完全控制症状。
长期肛裂的患者大多是慢性肛裂或者陈旧性肛裂，由于肛裂反复发作，裂口局部已经形成慢性溃疡，溃疡的慢性裂口的慢性炎症刺激导致裂口周围组织出现纤维增生而形成瘢痕。这样就导致裂口无法愈合，时间久了还会引发肛乳头出现纤维增生而形成肛瘘头瘤。还会导致肛门皮肤皱褶出现纤维增生形成哨兵痔，裂口也有可能会演变成皮下肛瘘。
所以，对于长期肛裂的患者在经用药等保守治疗无法治愈时，就需要行手术治疗，需要将肛裂裂口以及附属物切除，并且切断部分肛门内括约肌，防止复发。