手术当然可以治疗肛裂，对于一些慢性肛裂或者陈旧性肛裂，经用药、扩肛等其它保守治疗方法，仍然无法治愈的情况下，就需要行手术治疗。
肛裂需要行手术治疗的大多裂口已经形成慢性溃疡，而且裂口偏深，可以从裂口内看到肛门内括约肌，裂口周围由于反复慢性的刺激而导致瘢痕增生，有些还会形成哨兵痔以及肛乳头瘤。
手术时需要将肛裂慢性溃疡的裂口以及产生的附属物，包括肛乳头瘤和哨兵痔一并切除，并且切断部分肛门内括约肌，以防止术后复发。