胆道结石可以做微创，其主要的手术方式包括有内镜下Oddi，或括约肌切开取石、胆道镜取石等，但是微创有可能导致结石残留，需要定期复查以及多次手术取石。
如果结石较大，则通过微创手术取石较困难，或者有可能会导致胆管破裂，此时通常建议常规开腹行胆总管切开取石。
如果胆道结石合并胆管内梗阻化脓性感染时，或者胆囊化脓性感染时，可以在超声引导下行经皮穿刺胆管引流或者胆囊引流手术，引流出脓液或者胆汁，在感染控制后再行胆管取石，或者胆囊切除手术治疗。