腘窝囊肿一般都是良性。
原发性的腘窝囊肿病因目前为止尚不明确。继发性的腘窝囊肿通常为膝关节部位的病变所引起，比如关节软骨退变或者是半月板损伤等，有可能会导致腘窝囊肿。腘窝囊肿虽然是良性，但也要尽早地予以治疗。如果长期不进行治疗，将会对膝关节的活动造成影响，还会影响到患者日常的行走。
如果是轻度的腘窝囊肿，可以将囊液抽取干净，然后向内注射皮质类固醇药物，能够促进腘窝囊肿的痊愈。对于重度的腘窝囊肿，应予以手术切除。