高位复杂性的肛瘘比较危险，是属于较严重的肛周疾病。高位性的复杂肛瘘，一般是早期的低位肛瘘，没有得到有效的治疗后，逐渐拖延，导致肛瘘组织穿过了肛提肌之上，形成高位复杂性的肛瘘。
高位复杂性的肛瘘，如果不及时做手术治疗，容易引起反复发作。感染可能会蔓延到直肠窝，有可能导致直肠破溃，长时间的反复刺激瘘管，容易形成黏液腺癌。
这是一种直肠癌当中，恶性程度较高的肿瘤，即使切除肛门、直肠，复发率也较高。因此高位性的复杂肛瘘比较危险。