如果肝内胆管结石不引起明显的临床症状，患者无腹痛、腹胀、食欲不振、恶心、呕吐、寒战、发热、厌食油腻等症状，或者上述症状比较轻微时，可以采用保守治疗。比如针对临床症状应用一些解痉止痛、消炎利胆等药物，并定期的进行复查和随诊，监测病情变化。
但目前对于胆结石临床上主张积极的手术治疗，因为肝内胆管结石分支很多、结构狭窄，因此治愈的可能性很低。
如果不积极治疗，胆结石可能越来越大，引起临床症状和肝损害的并发症的几率会越来越高，治疗的难度也会相应提高等。