肛瘘手术指的是将瘘管全部切开，必要的时候可以将瘘管周围的疤痕组织做适当的修剪，以保证引流通畅，手术创面逐渐愈合。肛瘘依据瘘管的位置、数量，分为低位、高位、单纯、复杂性肛瘘，手术方式依据瘘管情况决定具体的治疗。一般手术方法有两种。
第一挂线疗法。这种方法不影响肛门的功能，瘢痕比较小，引流通畅，主要适用于距离肛门4厘米以内，有内外口的低位肛瘘，也可以作为复杂性肛瘘切开疗法或者切除疗法的辅助方法。
第二、切开疗法主要适用于低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘，对高位肛瘘切开的时候，必须要配合挂线疗法，才能避免造成肛门失禁。