肛瘘的手术方式有很多种，但术后效果最好的是肛瘘切除术，以及肛瘘高位挂线术。
根据外溃口以及瘘管的多少，肛瘘可以分为单纯性肛瘘和复杂性肛瘘。而根据内溃口位置的高低，可以分为高位肛瘘和低位肛瘘。肛瘘治疗的原则是将内口和外口完全切除或破坏，瘘管剔除。
当发生高位肛瘘时，如果进行内口切除有可能会破坏肛门直肠环的部分结构，而影响排便功能。因此通常采取低位的部分切除，而高位部分挂线治疗。其他类型的肛瘘均选择肛瘘切除，不会影响肛门排便功能。