怀孕时最好不要做肛瘘手术，因为手术的过程中有可能会导致孕妇出现早产或者流产。而如果怀孕的过程中出现急性发作，一般也是首选用药保守治疗，控制局部症状，待分娩以后再择期行肛瘘手术。
如果肛瘘症状严重，经用药等保守治疗无法控制，有可能会影响胎儿以及孕妇安全的情况下，必要时也可以考虑行手术治疗，但手术并非首选治疗方法。
所以，建议肛瘘患者在备孕前应该及时行手术治疗治愈肛瘘，以免在怀孕的过程中肛瘘出现急性感染而危及胎儿的安全。