肛瘘手术算个小手术一般情况下对人是没有什么危害的。但是在某些情况下，比如高位复杂性肛瘘手术如果损伤肛周皮肤过多，容易引起肛门皮肤缺损，或者切断肛管直肠环引起肛门失禁。
肛瘘分为低位肛瘘和高位肛瘘，低位肛瘘手术难度不大，手术过程中寻找到了内口就可以一次性根治。
高位肛瘘如果手术过程中没有找到内口，后期容易反反复复发作形成复杂性肛瘘，加大了手术难度和增加了术后痛苦。另外多次手术让患者形成了恐惧的心理阴影。总的来说，肛瘘手术对人的危害相对来说不大。