肩胛骨中间痛是由于菱形肌、肩胛提肌劳损或炎症引起，与长期的不良姿势或过度疲劳有关。
肩胛部位的肌肉反复受到刺激，就会诱发无菌性炎症，在炎性刺激下引起疼痛症状出现。如果患处的炎症没有得到控制，容易造成钙盐沉积、纤维蛋白出现，时间长了就会造成软组织发生粘连，进而引起疼痛。
夜间睡眠时血液循环降低，如果肩胛部位受凉，会使局部的肌肉持续紧张，枕头过高也会造成肩胛部位肌肉处于过度牵拉，这些情况都会造成肩胛骨中间部位疼痛。