导致肩胛骨中间疼痛的原因比较多，外力撞击导致肩胛骨或附近软组织损伤会产生疼痛，一般都可询问到明确的外伤史。长期在潮湿环境中工作肩部受凉，当肩膀活动的时候会导致肩胛骨中间疼痛。
颈椎间盘突出，当附近神经受到突出的髓核压迫，也会导致肩胛骨中间疼痛。长时间低头工作，比如教师批改作业、修表，由于局部过度紧张、肌肉劳损，也会引起肩胛骨中间疼痛。
学生在学习过程中，由于姿势不良会由于局部筋膜炎而引起肩胛痛。某些内科病也会导致肩胛骨中间痛，比如冠心病、胆囊炎。冠心病患者常见中老年群体，多数有长期胸闷不适的症状，胆囊炎患者多有厌食油腻，做B超可以确诊。