肝胆管结石有可能会有右上腹疼痛不适、腹部隐痛、胸背部疼痛等症状，如果结石诱发急性胆管炎时，则会出现畏寒、发热、腹痛等症状。
若结石分布较广泛或者结石位于肝门、胆管汇合处时，胆汁无法向下排出而逆行进入血液中，巩膜及皮肤就会出现黄疸，当肝内胆管充满结石时，有可能会损伤肝功能，甚至出现肝衰竭风险。
但是大部分肝胆管结石不会引起明显的临床症状，绝大多数人在体检肝脏彩超时偶然发现，此时如果没有引起胆管扩张以及胆管炎反复发作时，通常不需要特殊治疗。