胆结石微创手术的手术方法，是当全身麻醉后在腹部建立三个孔道，其中有一个孔道在肚脐旁边，腹腔镜的高清摄像镜头由此孔道进入腹腔内作为观察孔。另外两个孔道分别位于肚脐两边的腹部，操作器械由这两个孔道进入腹腔内进行分离操作，并完成腹腔镜下胆囊切除以及胆总管手术。
如果胆总管内的结石还可以通过消化内镜下，由消化道逆行进入胆总管内进行取石操作。
微创手术方式较常规手术的优点在于创伤小、恢复快、患者术后疼痛程度轻、相应的并发症较少。