肝胆管结石引起的肝脓肿，在治疗过程中既要处理并发症，也要积极治疗原发病，对于肝胆管内的结石，鉴于已经引起了肝脓肿，因此主张手术治疗。
胆结石的手术治疗方案要根据胆结石的大小，位置，数量而制定，手术方式包括胆总管切开取石术、肝脏部分切除术等，同时要根据肝脓肿的病情选择治疗方案。
如果肝脓肿比较小，可以采取全身应用抗生素控制感染，如果肝脓肿的病灶比较大，在进行胆结石手术的同时可以在肝内放置引流管或进行病灶切除术。