由于每个肝内胆管结石患者的病情不同，可以选择保守治疗或手术治疗，基本上每家医院都可以进行保守治疗，而肝内胆管结石的手术治疗大多需要二甲及以上医院才有条件进行诊治。
肝内胆管结石的保守治疗，主要是服用一些溶石和排石性的药物，同时注意保护肝功能，这在大部分的医院，都有条件进行诊治。
肝内胆管结石的手术方案包括胆管切开取石术、肝脏部分切除术和肝移植术等，建议患者尽量去条件比较好的、正规的大医院，进行治疗。