肝胆管结石会引起肝硬化，尤其是结石在肝内胆管分布范围较广泛或者结石位于一级胆管引起梗阻时，淤积的胆汁无法向下通过肝内胆管而流入肝外胆管，继而从肠道内排出，淤积的胆汁将会逆行入血引起黄疸。
结石引起反复胆管炎发作，有可能会导致肝细胞实质性病变而出现肝功能异常，如未及时有效引流胆汁或者解除梗阻，则有可能会引起肝硬化，甚至肝衰竭、肝癌的发生。
因此，如果发现肝胆管结石时，没有明显临床症状者，需密切定期复查，如果引起反复胆管炎时，则需积极手术。