在临床上复杂性肛瘘并不能预防，预防肛瘘的主要方法，即是预防肛周脓肿。
患者平时应该注意清淡饮食，多吃蔬菜、水果等富含维生素的食物，避免吃辛辣、刺激性的、油腻的、油炸的食物，比如辣椒、花椒、生姜、蒜等，要多饮水，保持大便的软化和通畅，防止便秘，便后要注意肛门部的清洁，防止局部的感染，引发肛周脓肿。
另外，还应该作息规律，避免熬夜、劳累等等，要增强自身的免疫力，平时要多做运动。做好以上这些，就可以预防肛周脓肿的产生，而预防肛瘘。