短肠综合征的诊断，主要依靠患者的病史和临床表现。短肠综合征主要见于广泛的小肠切除术后，因此胃肠道的手术是诊断短肠综合征的，一个非常重要的依据。
其次是患者的临床症状，早期主要表现为持续性的腹泻。腹泻往往最早出现，严重程度和残留的肠管长度有密切的关系。由于反复发作的腹泻，人体内会丢失大量的水分和电解质。
因此患者会出现不同程度的皮肤弹性降低、尿量会减少，并出现厌食、疲乏、感觉迟钝和精神萎靡等现象。部分患者还会出现肌体消瘦、皮肤松弛、毛发稀黄等情况，这些有助于诊断短肠综合征。