短肠综合征的诊断需要依据患者既往的手术史、病史和目前的临床症状，配合相关的辅助检查才能进行确诊。
断肠综合征的患者既往会有腹部疾病或者是小肠切除的手术史，目前出现了以腹泻为主的临床症状，查体时可发现电解质紊乱和营养不良等。通过腹部CT或磁共振等影像学检查，可以发现部分小肠缺如。
内镜检查可以发现小肠或大肠处有手术吻合口，都是重要的影像学辅助检查资料。通过询问患者的病史和症状，对患者进行体格检查和腹部检查，基本上就可以对短肠综合征进行确诊了。