肠易激综合征的确诊主要根据患者的临床表现、病情的发生时长以及各项辅助检查结果等来进行确诊。肠易激综合征患者可能会出现腹部疼痛、大便异常等表现，所以，首先应观察患者的症状及持续的时间。
其次，进行胃镜、肠镜检查，观察患者是否存在消化道肿瘤以及炎症等病变。对于肠易激综合征患者，情绪对症状的影响比较大，而且夜间很少出现腹泻等症状，这也是特征之一。
此病病程时间较长，通过腹部CT、彩超、胃肠镜检查等，排除了器质性疾病后可以确诊。