首先，肝内胆管结石和胆囊息肉属于两种不同的疾病，肝内胆管结石是位于肝内胆管部位的胆结石，是由于各种导致的胆汁成分改变病因，引起胆汁内胆盐成分结晶析出，形成了类似石头样的固态物质。
而胆囊息肉是指胆囊壁向腔内呈息肉样状突起的一类病变的总称，包括肿瘤性息肉和非肿瘤性息肉，它是一种软组织的病变。
两者的发病部位不一样，一是在肝内，一个是在胆囊内，两者的临床症状也有一定的差异，胆囊息肉可以恶变，胆结石本身不会恶变，但长时间刺激周围细胞组织可诱发癌变。