先天性胆总管囊肿手术在术中会不可避免的损伤胆道系统，大部分患者术后出现消化不良的症状，多为术后的应激性反应，主要是因为手术损伤了胆道系统，包括吻合口的水肿等情况，造成胆汁的分泌和排泄受到一定影响。而胆汁对食物，尤其是以脂类食物的消化吸收具有重要作用，如果胆汁的分泌和排泄出现异常，会导致机体的消化不良，一般术后1周左右即可恢复。
但是如果是吻合口狭窄或肠原性损伤，则需要再次手术解决问题，在术后恢复期内，注意肠外营养支持，防止电解质紊乱。