胆总管囊肿主要危害是造成胆总管扩张，引起胆总管梗阻，导致急性腹痛、胆红素代谢异常等。加重会引起急性梗阻性化脓性胆管炎，有引发中毒性休克导致死亡的风险。
胆总管囊肿临床上发病率较低，早期缺乏典型临床表现，仅仅是在体检或其他辅助检查时偶然发现，与胆总管恶性肿瘤早期很难鉴别。后期主要是出现右上腹疼痛、腹部包块、恶心呕吐等表现。
对于胆囊囊肿较小引发症状较轻时，可采取保守治疗，包括控制饮食、避免暴饮暴食、避免过于油腻的食物、避免吸烟酗酒、避免不规律饮食，同时应用对症药物治疗。对于保守治疗无效的患者，可采用手术治疗，手术效果相对较好。