阴茎里面疼的原因如下：
1.尿道结石或尿道炎引起。由于尿道部位的病变容易累及患者的尿道黏膜，致使尿道黏膜产生破损，甚至糜烂等表现。当排尿时对破损或糜烂的黏膜产生刺激，就会引起尿道疼痛，而这种疼痛会产生放射性，进而引起阴茎里面产生放射性的疼痛表现。
2.阴茎本身的病变引起。常见于阴茎表皮感染、阴茎海绵体脓肿、阴茎海绵体硬结症等疾病，都可导致患者的阴茎内产生刺痛感，还可放射至龟头部位，引起龟头部位疼痛。
因此，当男性出现阴茎里面疼痛时，应引起重视，及早就诊，确定病因后对症进行治疗。