阴茎里面痛可由多种原因引起，常见于尿道炎、精囊炎、前列腺炎等泌尿生殖系统炎症性疾病。
由于炎症的刺激作用，可导致病人出现阴茎里面疼痛，同时可伴有尿急、尿频等表现，一些病情比较严重的病人，甚至可出现尿道流脓、阴茎糜烂、渗出等表现。
也可见于阴茎硬结症，该病大多是由于阴茎外伤造成海绵体白膜破裂引起，受损的海绵体白膜容易形成瘢痕增生，进而造成痛性硬结，引起阴茎里面疼痛。此外，还可能为尿道或膀胱结石引起，由于结石在尿道中移动，对尿道或膀胱产生刺激，进而引起阴茎里面疼痛。