阴茎根部长了一个肉粒，伴随着疼痛，需要根据肉类的外观、形态和实验室检查结果才能确定是怎么回事。
如果这种肉粒外观是粗糙的，用手触摸质地较脆、容易流血，疼痛感并不是非常强烈，考虑为尖锐湿疣，做人类乳头瘤病毒全套分型可以进行鉴别。如果查到相应的病毒型，可以确诊为尖锐湿疣。
如果阴茎根部生长的肉粒表面是光滑的，呈现小水疱样改变，皮肤周围有红色的浸润性改变、疼痛感比较强烈，并且有烧灼感，考虑为生殖器疱疹，是单纯疱疹二型病毒感染导致的，做疱疹病毒抗体检查可以明确诊断。