阴茎里面疼痛有可能是尿道炎或者是阴茎的炎症，还有可能是尿道损伤或者尿道内有结石等引起的。
当尿道内有炎症的时候，由于炎症刺激，尿道内膜就会出现炎性水肿，就会刺激导致疼痛的发生。而尿道内如果有结石，结石堵在尿道内同样会对尿道产生损伤而引起疼痛。另外，阴茎的炎症，比如海绵体发炎也会导致炎性疼痛。
所以这种情况应该到医院做一下尿常规检查，看看尿液中有没有炎症，如果有炎症的就使用相应的抗菌消炎药物治疗。可以通过B超检查一下尿道内有没有结石，如果有结石的可以通过尿道把结石取出来。