肝包虫病的治疗方式包括保守治疗和手术治疗，药物治疗通常难以达到治愈的效果，适用于早期囊肿小、外囊壁薄、有广泛播散和手术危险性大的病人。
常用药物是阿苯达唑，用药疗程半年以上，部分病人治疗有效。目前手术治疗是首选方案，手术原则是：摘除内囊，避免囊液外溢，防止复发。尽可能消灭残腔，处理和预防胆漏等并发症。
大多数肝包虫病通过早期积极有效的治疗，病情都能够得到缓解，甚至痊愈。