胆结石要与右侧输尿管结石、上消化道穿孔、急性胰腺炎、右下肺炎等疾病相鉴别。
临床上胆结石引发了胆系感染，典型表现为右上腹疼痛，呈持续性疼痛，伴阵发性加重，有可能有腹泻、便秘、恶心、呕吐等消化道系统症状，有可能有发热，甚至高热、寒战的症状。
然而有时胆结石临床表现不典型时，可能容易与其他疾病混淆。右侧输尿管结石往往会伴有尿频、尿急、尿痛和血尿的情况，而急性胰腺炎往往会伴有左侧腹疼痛，有时胆结石和胰腺炎都会表现为剑突下疼痛，需要结合血尿淀粉酶和腹部核磁等来加以区分。消化道穿孔出现剑突下压痛，往往会伴有反跳痛和肌紧张，立位腹平片会显示阶梯状液平。