肝内胆管结石临床上最常见的原因为感染，一般为胃肠道细菌的逆行性感染，炎症细胞刺激胆汁，造成胆汁中的结晶成分析出，最终形成结石。
部分胆管结石可继发于胆囊结石，除此之外，任何影响胆固醇与胆汁酸浓度比例改变，和造成胆汁淤滞的因素，都能导致结石形成。
个别地区和种族的居民、女性激素、肥胖、妊娠、高脂肪饮食、长期肠外营养、糖尿病、高脂血症、胃切除或胃肠吻合手术后、回肠末段疾病和回肠切除术后、肝硬化、溶血性贫血等因素都可引起胆结石。肝内胆管结石早期诊断，需要早期干预。