首先要通过检查，明确是什么原因引起的肝脓肿，常见的肝脓肿包括细菌性的和阿米巴样的，不同的肝脓肿，治疗的方式是不一样的。
目前来说，西医在治疗肝脓肿方面具有明显的优势。临床上常用肝脏穿刺进行脓液培养，以明确病因。如果是阿米巴肝脓肿，可以抽出巧克力色脓液；细菌性的肝脓肿，可以抽出黄绿色或黄白色的液体。
明确病因以后，可以采用对症的药物治疗，还可根据药敏实验选择相应的抗生素，部分症状较重的患者，可手术引流或切除病灶。